Прапор університету — це двохсторонній прямокутний стяг синього кольору, прикріплений однією стороною до древка.
У центрі полотнища розміщений Герб Університету, над яким розміщено напис «Львівський державний університет фізичної культури імені Івана Боберського», а на звороті полотнища — малий Державний Герб України, олімпійські кільця та гасло Університету «Де сила, там воля витає».
На лицьовій та зворотній частинах Прапора Університету зображено грона червоної калини.
Прапор Університету обрамлений по периметру золотою бахромою.
